«Нет библиотеки mpdf/mpdf» — на сервере не установлена библиотека создания PDF: интеграция не подключится до установки.
«PDF в формате, который нельзя обработать без утилиты qpdf» — объединение и штампы для PDF из некоторых программ требуют qpdf на сервере (в стандартной сборке «Базы» он есть).
«PDF защищён паролем» — снимите защиту и загрузите файл снова.
Значения не найдены — откройте текст PDF (сохраните его в поле) и уточните правило: подпись или регулярное выражение.
Кириллица в PDF отображается квадратами — не должно случаться: используется шрифт DejaVu. Если свой HTML задаёт другой шрифт — уберите font-family.